Biowissenschaftliche Datenbanken (Stand: Juli 2025)

Biowissenschaftliche Forschung ist nicht denkbar ohne den Zugang zu Datensammlungen. Deren Daten wurden über lange Zeiträume hinweg meist experimentell erhoben, sorgfältig kuratiert und in öffentlich zugänglichen Datenbanken verwahrt. Die Art der Daten ist sehr unterschiedlich: von Literatur- über Beobachtungs- bis hin zu Gendaten.
Ebenso unterschiedlich sind Spezialisierung, Umfang und Serviceangebote der einzelnen Datenbanken. Denn die Datenbanken machen nicht nur die Daten selbst verfügbar, sondern bieten weitere Leistungen wie spezifische Auswertungsprogramme an. Die Datenbanken werden von engagierten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern erhalten und ständig weiter entwickelt. Aber diese Arbeit kostet Geld. Geld, das bisher häufig aus US-Quellen kam. Das hat sich 2025 geändert. 

Sammlungen genetischer und biomolekularer Daten
Diese wurden seit Beginn der Molekularbiologie vor über 50 Jahren aufgebaut und sind beispielsweise über das National Center for Biotechnology Information (NCBI) der USA abrufbar. Die bekannte Protein Data Bank versammelt alle verfügbaren Strukturdaten von Proteinen. Nur mit Hilfe dieser dort über Jahrzehnte gepflegten Datensätze konnte eine bahnbrechende KI wie AlphaFold trainiert werden – eine Leistung, die soeben mit dem Nobelpreis ausgezeichnet wurde.

Literaturdatenbanken wie PubMed oder Medline
Seit deren Anfängen (als diese noch kostenpflichtig auf Datenspeichern per Post verbreitet wurden) haben diese Datenbanken eine enorme technologische Entwicklung durchgemacht. Heute ermöglichen sie Echtzeit-Zugriff auf Literatur, auf unglaublich viele Publikationen, inklusive Links zu den Originaldatensätzen und Metadaten.

Kurzfristige Streichungen von Fördermitteln durch das US National Institutes of Health (NIH) im Sommer 2025 machen es den Betreibern der Datenbanken unmöglich, diese aufrechtzuerhalten und weiterzuentwickeln. Sie haben angekündigt, wegen ausbleibender Förderung vom Netz zu gehen. 

Beispiel 1: Die Pathogendatenbank VEuPathDB, wird voraussichtlich Ende Juni ihr Angebot einstellen müssen. Damit verlieren Forschungsprojekte aus dem Bereich Malaria-Forschung oder Erforschung der Chagas-Krankheit ihre Basis – um nur zwei Forschungsfelder zu benennen.

Beispiel 2: FlyBase, eine zentrale Ressource für die weltweite Drosophila-Forschung wird voraussichtlich bis Ende Juli vom Netz gehen. Damit werden wichtige Daten für einen der zentralen Modellorganismen genetischer und entwicklungsbiologischer Fragestellungen nicht mehr verfügbar sein – und das trotz der Tatsache, dass Ergebnisse aus der Drosophila-Forschung mit mehreren Nobelpreisen ausgezeichnet wurden.

Beispiel 3: Auch die Zebrafisch-Datenbank ZFIN droht ihre Finanzierung zu verlieren und hat bereits angekündigt, ihr Angebot einzuschränken. Damit werden die Daten zu einem wichtigen Modellorganismus der biowissenschaftlichen und biomedizinischen Forschung nicht mehr zugänglich sein.

Für den Erhalt der bedrohten Datenbanken geht es um Geld – wobei die Beträge durchaus überschaubar sind. Es geht aber vor allem auch darum, dass die Gelder kontinuierlich fließen, um den drohenden, unwiederbringlichen Verlust von Wissen und Infrastruktur zu vermeiden, das über Jahrzehnte aufgebaut wurde.
 

Der VBIO hat gegenüber Öffentlichkeit und Entscheidungsträgern (z. B. Deutsche Forschungsgemeinschaft, Wissenschaftsrat, Bundesministerium, Forschungsausschuss) frühzeitig auf die Gefährdung biowissenschaftlicher Datenbanken hingewiesen.
Er begrüßt, dass wichtige Akteure des Wissenschaftssystems erste Maßnahmen ergriffen haben, um Daten zu sichern. Aber die Befürchtung besteht fort, dass diese Aktivitäten nicht ausreichen, weil sie 

• am Ende doch zu spät kommen
• nicht alle bedrohten Datenbanken abdecken können oder
• nur Einzelaspekte wie beispielsweise die Datensicherung adressieren (können)

Die Zusammenarbeit mit anderen Staaten ist aus Sicht des VBIO geboten, wenn auch angesichts unterschiedlicher Grundverständnisse zum Beispiel von Demokratie und Datenschutz problematisch.