Klammert man die Krankenversorgung aus und fokussiert die Hochschulfinanzierung für Forschung und Lehre, so ist die „reine“ bzw. leistungsunabhängige Landesfinanzierung in den letzten zehn Jahren von 73 auf 50 Prozent gesunken. Dies geht zum einen einher mit einer stärkeren, temporär ausgerichteten Bundesfinanzierung, z.B. im Rahmen des Hochschulpakts oder bei den Ausgleichsmitteln für die mit der Föderalismusreform abgeschaffte Gemein-schaftsaufgabe Hochschulbau. Zum anderen ist die Abhängigkeit der Universitäten von Drittmitteln deutlich gestiegen. Allein in der letzten Dekade hat sich ihr Drittmittelanteil annähernd verdoppelt. 70 Prozent des Wachstums der Hochschulfinanzen stammt inzwischen aus Drittmitteleinnahmen. Demgegenüber verzeichneten die außeruniversitären Forschungs-einrichtungen vor allem eine Verbesserung der Grundfinanzierung, z. B. durch den Pakt für Forschung und Innovation, bei vergleichsweise geringfügigen Veränderungen des Drittmittel-anteils. Bis zu 80 Prozent werden außeruniversitäre Einrichtungen aus Grundmitteln finanziert. Dadurch haben sie eine vergleichsweise hohe Planungssicherheit gegenüber den Hochschulen, die einen zunehmenden Aufwand für die Drittmittelakquise betreiben müssen und von befristeten Programmen abhängig sind.
Die wachsende Bedeutung von meist forschungsbezogenen Drittmitteln für Universitäten lässt die prozentualen Aufwendungen für die Lehre sinken. Entfielen 1995 noch bundesweit 59 Prozent der Mittel auf die Lehre, waren es 2015 noch 53 Prozent, obwohl in dieser Zeit die Zahl der Studierenden um fast 40 Prozent gewachsen ist. Die Grundfinanzierung der Lehre durch die Länder ist sogar von 51 auf 37 Prozent gesunken, die der Forschung von 26 auf 15 Prozent.
Die Ausgaben sowohl für die Universitäten als auch für die außeruniversitären Einrichtungen haben sich in den letzten beiden Jahrzehnten beträchtlich erhöht. Bundesweit stiegen sie an Universitäten von 1995 bis 2015 von 22,6 Milliarden Euro auf 43,7 Milliarden Euro und bei den außeruniversitären Forschungseinrichtungen im gleichen Zeitraum von 4,4 Milliarden Euro auf 9,4 Milliarden Euro im Jahr 2015. Das entspricht einem Wachstum von 93 Prozent bei den Universitäten und 116 Prozent bei den außeruniversitären Forschungseinrichtungen. Im Unterschied zu den Universitäten haben alle außeruniversitären Forschungseinrichtungen mit Ausnahme der Leibniz-Gemeinschaft ihre Personalausgaben im Betrachtungszeitraum mindestens verdoppelt, die Fraunhofer-Gesellschaft sogar vervierfacht. An den Universitäten hält dagegen der Zuwachs des wissenschaftlichen Personals und hier insbesondere der Professorinnen und Professoren mit den wachsenden Studierendenzahlen nicht Schritt. Hier haben sich d ie Personalausgaben unter Einbeziehung der Krankenversorgung um 81 Prozent erhöht.
Wie in der Studie des Weiteren hervorgehoben wird, haben die Universitäten trotz starken Studierendenzuwachses ihren Publikationsoutput in den vergangenen knapp fünfzehn Jahren deutlich erhöht; durchschnittlich um 70 Prozent – bei einer Schwankungsbreite zwischen 25 (Schleswig-Holstein) und 117 Prozent (Bremen). Bei den außeruniversitären Forschungseinrichtungen betrug der Zuwachs beim Publikationsoutput im gleichen Zeitraum 96 Prozent bei einer Varianz zwischen 52 (Max-Planck-Gesellschaft) und 215 Prozent (Fraunhofer-Gesellschaft). Legt man angesichts der unterschiedlichen Personalausstattung und Personalentwicklung sowie der ungleichen Aufgabenverteilung die sachangemessenere Relation von Publikationen je Wissenschaftlerin bzw. Wissenschaftler zugrunde, ergibt sich folgendes Bild: Bezogen auf die Zahl der Professorinnen und Professoren hat sich die durchschnittliche Zahl der Publikationen je Universitätsprofessorin bzw. Universitätsprofessor, sofern sie im Web of Science er fasst wurde, zwischen 2003 und 2014 um 54 Prozent von 2,7 auf 4,1 Veröffentlichungen pro Jahr erhöht. Deutlich geringer sind die Werte, wenn die Anzahl der Publikationen in Relation zur Zahl des gesamten wissenschaftlich-künstlerischen Personals an Hochschulen gesetzt wird. Der bundesweite Durchschnittswert steigt aber auch hier um rund 50 Prozent von 0,55 auf 0,81. Bei den außeruniversitären Forschungseinrichtungen ist der Anteil in derselben Zeit um knapp ein Viertel um etwas mehr als 20 Prozent von 0,95 auf 1,16 je Wissenschaftlerin bzw. Wissenschaftler gestiegen. Unter den außeruniversitären Forschungseinrichtungen entfaltet die Max-Planck-Gesellschaft das höchste Aktivitätsniveau. Hier entfallen auf jede Wissenschaftlerin bzw. jeden Wissenschaftler zwei erfasste Publikationen im Web of Science. Über die Jahre verläuft die Entwicklung jedoch eher statisch. Bei der Fraunhofer-Gesellschaft kommt zwar lediglich eine Publikation pro Jahr auf etwa drei Wissenschaftlerinnen bz w. Wissenschaftler, in den letzten zwölf Jahren hat sich jedoch hier der Publikationsoutput nahezu verdoppelt und damit am stärksten entwickelt, ohne jedoch auch nur ansatzweise das Niveau der anderen außeruniversitären Forschungseinrichtungen wie z.B. auch der Helmholtz-Gemeinschaft und der Leibniz-Gemeinschaft zu erreichen.
Deutscher Hochschulverband